Вилковская ремонтно-эксплуатационная база флота занимается поддержанием эксплуатационной готовности Дунайского флота Компании. Кроме того, предприятие предоставляет услуги по ремонту речных судов владельцам судоходных компаний Дунайского бассейна. База имеет в своем распоряжении три дока грузоподъемностью 400, 800 и 1200 тонн, плавмастерскую, ремонтно-отстойный пункт и пять цехов: механический, малярный, корпусо-сварочный, электромонтажный и деревообрабатывающий. Вилковская ремонтно-эксплуатационная база флота выполняет ремонт морских и речных судов длиной до 90 м, шириной – до 16 м, осадкой – до 3,4 м и водоизмещением до 2100 тонн.